In Frankfurt hätte meines Wissens nach ja auch der Hauptbahnhof unter die Erde verlegt werden sollen, stattdessen wurde dann der ICE am Flughafen gebaut.
Nein. Der Fernbahnhof am Flughafen wurde 1990 beschlossen und ging 1996 in Betrieb, die Pläne für Frankfurt21 wurden erst 1996 vorgestellt und 2006 endgültig begraben.
Was derzeit passiert ist eine Ertüchtigung des kompletten Bahnknotens, unter anderem durch zusätzliche Gleise, sowie weitere Brücken, siehe auch diverse Threads im Frankfurter Forum. Und das Klientel am Bahnhof lässt sich sicher nicht durch tiefer legen der Bahnsteige ändern.
Allerdings laufen derzeit noch Planungen für einen Fernbahntunnel zum/vom Hbf, um die ein- und Ausfahrten zur beschleunigen. Analog zu S dann quasi eine Kombilösung. Was in F natürlich auch bestehen bleibt, anders als (voraussichtlich) in S, ist das gesamt Gleisvorfeld.