Man könnte es selbst dann noch so sehen, dass man sie für eine große Minderheit baut.
Richtig. Es muss und soll nicht nur stets für und mit Zustimmung der Mehrheit agiert werden müssen. Auch Minderheiten, Minderheiteninteressen müssen natürlich berücksichtigt werden.
Im allgemeinen wird auch bei anderen stadtbildprägenden Großprojekten nicht jedes Mal extra abgestimmt ob das auch alle inhaltlich haben wollen und wenn ja in welcher Form. Da die GK-Reko niemandem wirklich schaden wird und bekanntlich auch nicht durch den Haushalt Potsdams finanziert wird, finde ich diesen Pathos "gegen den Willen der Mehrheit" eher lächerlich.
Im Allgemeinen, nein, mit Sicherheit nicht. Aber keine Regel ohne Ausnahme.
Warum es nämlich aber in diesem speziellen Fall - denn hier gibt es bereits massiven Widerstand, der Bau wäre nicht irgendein Großprojekt, sondern das größte, mit einer zudem unsicheren Finanzierung, die schon jetzt zu Lasten von Stadt/Land/Bund geht - nicht doch geschehen soll, erschließt sich mir nicht.
Im Übrigen ist es mE seltsam, dass gerade Du über ein "undemokratisches Wesen" klagst, wenn Du Dich nicht mal mit grundsätzlichen Aspekten von politischen Prozessen wie der Möglichkeit einer Enthaltung bei einer Wahl sowie der eigentlichen Funktion und Intention des demokratischen Instruments eines Bürgerentscheides auseinandersetzt.
Komisch, ich kann mich erinnern, hier ins Gedächtnis gerufen zu haben, dass auch eine Enthaltung bewusster Teil einer Wahl ist.
Da das Potsdamer Rechtsamt die Fragestellung zugelassen, ja fast aufgedrängt hat, eine andere, konkretere Fragestellung zuvor als unzulässig zurückgewiesen wurde, gehe ich davon aus, dass Frage als auch Bürgerbegehren, folglich auch ein Bürgerentscheid, rechtlich auf sicheren Füßen stand, die allgemeine Funktion und Intention eines Bürgerbegehrens also in rechtlich sauberer Art berührt und ausgeführt wurde.
Du hast übrigens immer noch nicht erklärt, inwiefern Boede und die restlichen Anderen nun aufgrund ihres Abstimmungsverhaltens zu den Befürwortern des Projekts zu zählen sind - wobei ich wette, dass er das nicht so gerne hören würde 
Warum sollten sie zu den Befürwortern des Projektes zählen? Sie haben sich dagegen ausgesprochen, die Aufgabe des Bürgerbegehrens im vom OB Jakobs eingebrachten Begehren zu deligieren, weil sie der Meinung waren, er würde diesem Auftrag, ohne Legitimation der Mehrheit, nicht in gewünschter Form nachkommen (können). Sie haben also, wie es auch auf jedem Unterschriftenzettel als Ziel des Begehrens stand, für einen Bürgerentscheid gestimmt. Schaut man sich das Ganze mal als Struktogramm an, wird man feststellen, dass die Andere ihr Ziel Bürgerentscheid je nach Verhalten der übrigen Stadtverordneten, mit einem "Ja" oder aber einem "Nein" hätte erreichen können. Kurzum, Die Andere wollte den Bürgerentscheid und hat dementsprechend gestimmt. Dabei hat sie nicht gegen das Bürgerbegehren, sondern gegen die Deligierung des Auftrags an OB Jakobs ohne Bürgerentscheid gestimmt.
Die Aufgabe wurde ja übertragen und - wie erwartet - für nicht lösbar befunden. Damit ist mE klar, dass von Beginn des Bürgerbegehrens an keine echte Zuständigkeit/ Entscheidungskompetenz (eine Grundvoraussetzung für dieses Instrument) bestand, weshalb man es auch so schwammig formulieren musste: "Die zulässigen Mittel nutzen ... um anzustreben".
Hätte es keine Zuständigkeit/ Entscheidungskompetenz gegeben, hätte das Potsdamer Rechtsamt diese Fragestellung als unzulässig zurückgewiesen. Da es das nicht tat, muss man davon ausgehen, dass Inhalt als auch Fragestellung rechtens war.
Er wäre ebenso unverbindlich, egal ob man damit irgendeine politische Legitimierung vorgaukeln möchte oder nicht.
Falsch. Ein erfolgreicher Bürgerentscheid ist verpflichtend.
Wenn man hingegen öffentlichen Druck auf die Stiftung ausüben will, bleibt auch weiterhin folgende Option: http://de.wikipedia.org/wiki/Befragung (übrigens weitaus kostengünstiger)
...nur leider ist dies absolut unverbindlich für die Politik.